De locatie waar ’t Vliegend Hert zich bevindt, is voortdurend aan verandering onderhevig door externe factoren. Het wrak ligt allereerst in een sterk stromingsgebied. Dat maakt duiken lastig, omdat de periodes onder water maar kort kunnen zijn. Daarnaast is het water in de Westerschelde sterk vertroebeld, waardoor het zicht beperkt is. Ook wordt er rond het wrak veel gevist. Regelmatig blijven visnetten haken aan de overblijfselen van ’t Vliegend Hert. De bodem is bovendien, aldus A.J. van der Horst, ‘zo kaal als een biljartlaken’, waardoor diersoorten ieder obstakel gebruiken als schuilplaats.

Uit historische archieven weten we dat het schip al een jaar na de ramp uit elkaar viel, waardoor een tweede bergingspoging meer succes had dan de eerste. Paalworm wordt vaak genoemd als een belangrijke oorzaak. Het is daarom niet verwonderlijk dat na ruim 250 jaar vrijwel niets van het houten schip bewaard is gebleven.

Artist impression van de wraklocatie door Peter Magowan van MAARER.